Действия игры происходят далеко после основных событий манги и аниме. В данный момент Наруто уже успел осуществить свою мечту и стать Хокаге - но, он не стал отходить от дел и всё ещё отлучается на миссии, а потому частенько на посту хокаге его часто заменяет Хатаке Какаши. Саске в деревню так и не вернулся и о нём ничего не известно - толи он всё ещё где-то скитается, толи примкнул к кому-то... Известно только одно - у него есть семья, потому что уж слишком много людей с шаринганом замечено в последнее время... В общем, в Конохе тишина и покой - семьи растут, развиваются, дети выростают и становятся настоящими шиноби. Это не так интересно, как то, что творится в Отто! Орочимару, как самый живучий и упёртый житель этого мира тоже успел обзавестись потомком - единственной дочерью, мать которой держится теперь в плену его лаборатории, как подопытная. Сама же дочь - истинное исчадье Ада, которая уже превзошла отца в размахе своих планов и даже силе - всё благодаря многим эксперементам и, конечно, генам отца. Сейчас именно она, пусть и на пару с отцом, держит власть в Деревне Звука. Она готовит наступление на Ивагакуре, как на одну из слабых деревень, так же в её планах постепенный захват власти везде, а так же уничтожение организации "Акацуки", но тут всё не так просто... Ведь они тоже не сидели на месте - мало того, что они сами довольно сильны, у них так же воспитаны такие же сильные дети, готовые продолжить дело родителей и вступить в бой с кем угодно, попытавшись захватить мир.Саске во время своего путишествия по странам заделал детей, хотя он их даже не планировал и ниразу  жизни не видел. Учиха долго странствовал в поисках своего существования и ответов на свои вопросы, но ни к чему это не привело. Вскоре Саске возвращяется в Акацуки и становится правой рукой Мадары, у которого на Саске личные планы. План у них всё тот же, но в нём есть один изъян - неизвестно, где или в ком находятся хвостатые демоны. Абсолютно все демоны сейчас запечатаны неизвестно в ком - это держится и держалось в секрете, единственное, что так и осталось неизменным - Кьюби в Наруто.   Кто же является остальными джинчуурики сейчас? Думаю, рано или поздно кто-либо в этом разберётся. Но что дальше случится с миром Наруто? Кто победит? Это решать вам!